CS 466 Въведение в биоинформатиката; Мохамед Ел-Кебир

Семестър Есен 2020
Инструктор Проф. Мохамед Ел-Кебир
TA Сара Кристенсен (sac2), Wesley Wei Qian (weiqian3)
Време WF 2: 00-3: 15 PM
Местоположение Мащабиране: [връзка] (PW на площад, започваща седмица 2)
Работно време в офиса Сряда 15: 15-4: 15 ч. В 3216 Siebel Center
Работно време на ТА Понеделник, 15:00; Петък 9-10 ч. На Zoom [връзка]
Пиаца [връзка]

мохамед

Описание на курса

Този курс въвежда основни проблеми и алгоритмични подходи в изчислителната биология. Покритите теми включват:

  1. подравняване на последователността,
  2. сглобяване на геном,
  3. филогенетика,
  4. съвпадащ модел,
  5. геномика на рака.
Този курс ще не ще ви научи как да управлявате популярни инструменти за биоинформатика. По-скоро ще се съсредоточим върху основните алгоритмични идеи и проблемите, които възникват при превръщането на биологичен проблем в изчислителен проблем и в крайна сметка точен инструмент за използване от биолозите. Освен това този курс ще ви научи как да четете научни статии и как да предлагате и провеждате независими изследвания.
Книга: Джоунс и Певзнер, Въведение в биоинформатиката Algorihms.

Предпоставки

Класиране

Студентите ще получат 3 студентски кредита; аспирантите могат да се запишат за 3 или 4 кредита за завършили.

3-кредитни студенти:

  • Пет набора от задачи (30%)
  • Средносрочен (25%)
  • Финал (25%)
  • Базиран на екип (3-4 души) мини-проект и доклад (20%)
4-кредитни студенти:
  • Пет набора от задачи (20%)
  • Средносрочен (25%)
  • Финал (25%)
  • Мини-проект и доклад на основата на малък екип (1-2 души) (30%)

График на курса

Това е ориентировъчен график и може да се промени.